Skupni sekretariat je v skladu s priporočili odbora za spremljanje, ki je dne 28. junija 2017 potrdil prednostno lestvico standardnih projektov, izvedel individualna srečanja z vsemi 27-imi vodilnimi partnerji odobrenih projektov. Na srečanjih člani sekretariata preverjajo določbe v zvezi z zastavljenimi kazalniki in rezultati projektov, kot tudi posredujejo relevantne informacije v zvezi z izvajanjem projektov.
Organ upravljanja in skupni sekretariat pred podpisom pogodb že vse poletje izvajata in obdelujeta zakonsko obvezno preverjanje prejetih podatkov. Z 12. 8. 2017 je za preverjanje dodeljenih pomoči vzpostavljen italijanski nacionalni register državnih pomoči (Registro Nazionale Aiuti – RNA). Program sodelovanja Interreg IT-SI 2014-2020 je bil vnesen v sistem RNS, kar omogoča preverjanje predvideno z zakonodajo.