V skladu s členi 21-25 Uredbe (EU) št. 1299/2013 so za vodenje programa pristojni sledeči organi oz. strukture:
Organ upravljanja (OU), je odgovoren za upravljanje, izvajanje in spremljanje programa v skladu z načelom dobrega finančnega poslovodenja;
Organ za potrjevanje (OP) je odgovoren za certificiranje izdatkov in pripravo zahtevkov za plačilo, ki bodo predloženi Evropski komisiji. Opravlja izplačila upravičencem;
Revizijski organ (RO) je odgovoren za preverjanje učinkovitosti delovanja sistema upravljanja in nadzora. Revizijskemu organu pomaga skupina revizorjev, ki jo sestavljajo predstavniki obeh držav članic, ki sodelujeta v programu;
Odbor za spremljanje (OS), ki je odgovoren za nadzor in spremljanje izvajanja programa in izbiro operacij ter zagotavlja učinkovitost in kvaliteto izvajanja programa.
Task Force Slovenija - Italija 2014-2020 je začasna delovna skupina, ki jo sestavljajo predstavniki držav članic - Slovenije in Italije, ustanovljena za namen priprave Operativnega programa Slovenija - Italija 2014-2020. Naloga Task Force, s svojim poslovnikom, je priprava dokumentacije, potrebne za pričetek izvajanja Programa čezmejnega sodelovanja Slovenija-Italija 2014-2020. Task Force je zaključila svojo nalogo z odobritvijo Programa sodelovanja s strani Komisije dne 15. decembra 2015.
Sestava Odbora za spremljanje programa (v angleškem jeziku) >
Poslovnik Odbora za spremljanje programa (v angleškem jeziku) >
Posredniški organ (PO) je odgovoren za vodenje in izvajanje celostnih teritorialnih naložb (ITI). Vloga in funkcije posredniškega organa GECT GO / EZTS GO so opisani v 4. Poglavju programa;
Skupni sekretariat (SS): pomaga OU in OS pri izvajanju njunih nalog.
Predstavniki držav članic (DČ) so nacionalni/deželni organi.
Slovenska info točka in italijanske deželne podporne strukture
Nudijo informacije potencialnim upravičencem na območju v njihovi pristojnosti
Prvostopenjska kontrola preverja izdatke, o katerih upravičenc poročajo.
Operacijo delno sofinancira Evropski sklad za regionalni razvoj
