V sklopu projekta Interreg programa CATTEDRA, je Experteam zadolžen za razvoj novega diagnostičnega testa in vitro (IVD) za prepoznavanje imunsko pogojenih bolezni pri otrocih. Ta izredno zapleten postopek zahteva poglobljeno analizo številnih genov, ki so udeleženi pri signalni poti JAK-STAT. Experteam je trenutno razvil nov protokol za ekstracijo in sekvenciranje mRNA z namenom ugotavljanja genov, ki so povezani na določene inflamatorne bolezni.
Po fazi ekstrakcije, ki se izvaja z uporabo avtomatskega estraktorja Nuetraction Nucleic Acid Purification System BFEX-32, količinsko opredelimo prisotnost pridobljenega RNA in ocenimo njegovo integriteto. Slednjo ocenimo z algoritmom RIN (RNA Integrity Number), ki vsakemu vzorcu dodeli oceno od 1 (popolnoma degradiran) do 10 (popoln), ter ustvari poseben graf, ki prikazuje skupno populacijo RNA (slika 1).
Pri fazi amplifikacije in sekvenciranja transkriptoma uporabljamo tehnologijo Next-Generation Sequencing, znano pod imenom 3’ RNA-Seq, ki omogoča analizo le kodirajočih RNA zaporedij in hitro določitev profila izražanja posameznega vzorca.
Analiza profila izražanja genov pri različnih pacientih ki jo je opravila družba Experteam, bo omogočila obdelavo osnovnih podatkov za ugotavljanje nekaterih genov, ki so udeleženi v zapletenih vnetnih boleznih, ter razviti učinkovit in inovativen diagnostični sistem.
Slika: Grafi popolnosti pridobljenega mRNA. Grafi okvirno prikazujejo zadostno raven popolnosti, vrhovi pa predstavljajo RNA ribozomov 28S in 18S.
Operacijo delno sofinancira Evropski sklad za regionalni razvoj
