Nell’ambito del progetto Interreg CATTEDRA, Experteam ha il ruolo di sviluppare un nuovo test diagnostico in vitro (IVD) per la caratterizzazione di patologie immuno-mediate in pazienti pediatrici. Si tratta di un processo articolato, che richiede uno studio approfondito dei molti geni coinvolti nella via del segnale JAK-STAT.
Attualmente Experteam ha messo a punto un nuovo protocollo di estrazione e sequenziamento di mRNA per individuare i geni associati a determinate malattie infiammatorie.
La fase di estrazione si svolge utilizzando l’estrattore automatico Nuetraction Nucleic Acid Purification System BFEX-32, ed è seguita dalla quantificazione dell’ammontare di RNA ottenuto e dall’analisi della sua integrità. Quest’ultima viene valuta tramite l’algoritmo RIN (RNA Integrity Number), che assegna ad ogni campione un valore da 1 (completamente degradato) a 10 (intatto) e genera un grafico caratteristico della popolazione di RNA totale (figura 1).
La fase di amplificazione e sequenziamento del trascrittoma sfrutta una tecnologia di Next-Generation Sequencing nota come 3’ RNA-Seq, che consente di analizzare solo le sequenze di RNA codificanti e ottenere, in modo rapido, un profilo di espressione completo per ogni campione.
Tramite lo studio del profilo di espressione genica di diversi pazienti eseguito da Experteam, sarà possibile elaborare i dati fondamentali per individuare alcuni tra i geni associati alle malattie infiammatorie complesse e, infine, sviluppare un sistema diagnostico efficace ed innovativo.
Nell'immagine: Grafici di integrità di mRNA estratto. I grafici sono indicativi di un discreto livello di integrità, i picchi maggiori corrispondono agli RNA ribosomali 28S e 18S.
Operazione co-finanziata dal Fondo Europeo di Sviluppo Regionale
